Né à Soweto à Johannesburg en 1973, son intérêt grandissant pour la danse à la fin des années 1980 est un moyen de s’évader dans un contexte politique de plus en plus tendu. Il intègre en 1990 le Moving into Dance, dont il deviendra Directeur artistique associé en 2002. Au cours de ses études à l’école bruxelloise PARTS dirigée par Anne Teresa de Keersmaeker, il fonde en 1999 sa compagnie, Vuyani Dance Theatre. Gregory Maqoma collabore avec des chorégraphes de renom tels Akram Khan, Vincent Mantsoe, Faustin Linyekula, Dada Masilo, Shanell Winlock ou encore Sidi Larbi Cherkaoui.
Ses chorégraphies reçoivent plusieurs prix prestigieux, parmi lesquels FNB Vita Choreographer of the Year en 1999, 2001 et 2002 pour les pièces Rhythm 1.2.3, Rhythm Blues et Southern Comfort. Il reçoit le prix Standard Bank Young Artist Award for Dance en 2002, et compte parmi les finalistes pour le Chrysler Choreography Award en 2002 et pour le Rolex Mentorship Programme en 2003. Il reçoit en 2012 le Tunkie Award for Leadership in Dance, remis chaque année à un Sud-africain pour avoir contribué au niveau et à la visibilité de la danse en Afrique du Sud. En 2017, Maqoma est nommé Chevalier de L’Ordre des Arts et des Lettres par le gouvernement français.